Theo niên giám tòa thánh năm 2003 thì ông đắc cử Giáo hoàng lần thứ nhất vào ngày 21 tháng 10 năm 1032 và kết thúc vào tháng 9 năm 1044.

Khi Gioan XIX qua đời, Albêricô III làm cho con trai mình được bầu làm Giáo hoàng. Là giáo dân, Theophylacte lại còn rất trẻ - theo một truyền thuyết do Raoul Glaber thuật lại (Histoires, IV, 5), ông lên ngôi lần đầu khi mới 12 tuổi. Nếu người ta không biết chắc chắn ngày tháng năm sinh của Theophylacte thì điều đó hình như ít có vẻ là sự thực.

Tuy nhiên chắc chắn rằng Gioan XII và Biển Đức IX là một trong những Giáo hoàng trẻ nhất trong lịch sử giáo hội Công giáo. Ông được đăng quang ngay ngày hôm sau ngày được bầu. Người ta cho rằng, ông đã mua chức vị Giáo hoàng. Ông vốn là người không có phẩm tước Giáo hội, và đã trải qua hết thảy phẩm tước Giáo hội trong một ngày.

Benedictus IX tiếp tục chính sách làm dịp do vị tiền nhiệm của ông phác thảo đối với giới quý tộc. Cha ông rút lui một phần khỏi đời sống chính trị, dần dần được thay thế bởi em ông là Grêgôriô II.

Các tiếp xúc với hoàng đế chỉ bắt đầu sau khi có quyết định của Conrand II người Salic (Frank miền biển) năm 1037 truất phế Aribertô, tổng giám mục Milan. Trái với những hy vọng của hoàng đế, Benedictus IX không phê chuẩn ngay quyết định này, nhưng chờ đến năm sau mới phạt vạ tuyệt thông Aribertô như yêu cầu. Ông cũng tỏ ra sự độc lập của mình bằng việc hủy bỏ quyết định do Corad II áp đặt cho Gioan XIX về vấn đề tòa thượng phụ Aquilê vào năm 1044.

Về mặt giáo hội, Benedictus IX ủng hộ dòng đan tu chống lại các dòng thường. Theo sáng kiến của Phêrô Đamianô, ông truất chức hai Giám mục bị xem là mại thánh. Ông cũng là người đã phong thánh cho Simêon Syracusa, chết ẩn tu ở Trèves.

Ông bị truất phế theo sau một cuộc nổi dậy của dân chúng do gia đình Crescentius lãnh đạo.